Когда я смотрю чеки, мне кажется, что с меня удерживают комиссию гораздо больше

Это невозможно. В чеке отображаются только суммы комиссий, образованные в соответствии с вашим тарифным планом. По детализации посмотрите отчет «Открытие Брокер» и информацию о тарифах.